رسول جعفریان، رئیس کتابخانه مرکزی و مرکز اسناد دانشگاه تهران، در یادداشتی به این بحث پرداخته که چرا با طب سنتی-اسلامی و مقولات ترکیبی «علم و دین» مخالف است. در ادامه گزیده‌ای از این یادداشت را به نقل از مهر می‌خوانید:
آنچه مرا به نتایجی برای مخالف با طب سنتی رساند نه خود این بحث بلکه، در درجه نخست، حساسیت نسبت به رابطه علم و دین در تمدن اسلامی بود. بحث مهمی که به نظرم می‌بایست درباره آن تحقیقات تازه‌ای مبتنی بر میراث مخطوط و بازخوانی متون گذشته داشته باشیم. کاری که روشنفکران عرب به شدت دنبال آنند. در گذشته بخشی از این ماجرا به دانش نجوم و بخشی هم به طب و سپس به شبه‌علم‌هایی مانند طلسمات، کیمیا و جز آن هم مربوط بود. سؤال این بود: چه مقدار نظریات علمی جهان‌شناختی در متون دینی هست؟ آنچه ما درک می‌کنیم و می‌کوشیم اثبات کنیم، اگر با دانش‌های تجربی مواجه شد باید با آنها چه کنیم؟
بنابراین این بحث قدیمی است و مسلما شناخت آن نیاز به آشنایی جدی با نظریات مدرن درباره فلسفه و ماهیت علم دارد. اما در مرحله اول ما در شکل ساده آن نیازمند شناخت مصادیقی از گذشته و حال هستیم که نقطه تلاقی دانش تجربی [در گذشته یونانی و بعد غربی] با دین بوده است... مدتی قبل یک رساله در جهان‌شناسی طبیعی از شیروانی - استاد آقاحسین خوانساری - چاپ کردم که در آن می‌کوشد تا جهان‌شناسی یونانی را با روایات شیعی پیوند دهد. در آنجا به روشنی می‌فهمد بسیاری از مطالب جهان‌شناسی یونانی درباره باد و باران تجربی است و با ظواهر برخی روایات ناسازگار است و راه‌حل‌هایی برای جمع آنها داده و گاه مجبور شده تجربه یونانی را انکار و روایتی را بپذیرد. این فعالیت‌ها کمابیش ادامه داشت تا اینکه علم غربی آمد. همه می‌دانیم در این زمینه گرفتار بهت‌زدگی و حیرت شدیم و از دویست سال پیش به این طرف هر روز شاهد پیشرفت‌های علمی مهمی در عرصه تمدنی بوده‌ایم، پیشرفت‌هایی که ما نسبت به آنها عقب‌مانده‌ایم. [با شرمندگی: به طوری‌که همین اواخر، به دلیل تحریم‌ها، نتوانستیم ال‌نودهای ثبت‌نامی مردم را تحویل دهیم و ناچار دنبال تحویل پراید به جای آن بودیم]. بیایید این مسائل را شوخی نگیریم. این دانشی است که پیش رفته است. ما چه کرده‌ایم؟
وقتی در عثمانی با چاپ مخالفت شد ما در ایران با آن مخالفت نکردیم. این نکته مهمی است. نکته دوم اینکه در ایران مراجع درجه اول با علم جدید مخالفت نکردند. اما مشکل بر سر یک مشت نویسنده عمومی بود که وارد میدان شدند و مرتب گفتند که دین هم نجوم دارد، هم طب دارد و همه این مطالب قبلا در روایت آمده است. گفتند حرمت موسیقی به خاطر تأثیری است که بر اعصاب و روان می‌گذارد و جنبه‌های لهو و لعب را شرح علمی کردند. با افتخار باید گفت: تا آنجا که می‌دانیم، هیچ‌وقت در رساله‌های علمای ما از هزار سال به این طرف، بحثی از نجوم و طب و اسلامی‌بودن آنها نشده بود. حتی بسیاری از کتاب‌های روایی کهن ما باب طب و نجوم نداشت. البته زمان صفویه، عده‌ای از روحانیون اصفهان، کوشش کردند نجوم اسلامی درست کنند و علیه منجمان سنتی قیام کردند. برخی استدلال‌هایشان هم درست بود، چون منجمان سنتی هم با اعتقاد به احکام نجومی که نه دلیل عقلی داشت نه تجربی و نه شرعی زیاده‌روی کرده بودند. اما اینها هم با علم اختیارات خواستند نجوم اسلامی درست کنند و «مجلسی» چندین اختیارات برای شاه‌سلیمان و شاه‌سلطان‌حسین نوشت و «فیض» و دیگرانی از لشکر خاتون‌آبادی هم به همچنین. در عصر قاجار، با ورود علم جدید به ایران کسی از مراجع با آن در.نیفتاد، ولی افراد درجه دو در محلات و شهرها گاهی مخالفت می‌کردند و در این زمینه مخالفت‌هایی با دارالفنون داشتند. بسیاری از علمای مخالف هم نه به خاطر اصل علم بلکه به خاطر فرنگی‌مآبی، لباس‌پوشیدن و برخی از مسائل حاشیه‌ای با این نهادها درگیر شدند.
عالمان بزرگی هم که ضدسلطه کفار بودند، نگران تسلط غربی‌ها به اسم مدرسه و دانشگاه بر سرنوشت ملت بودند. باز هم مشکل نه علم بلکه حواشی آن بود. مثلا رفتن دختران به مدرسه دو سویه داشت: علم‌آموزی دختران با توجه به جایگاه زن در متون ما و از طرف دیگر بحث حجاب. مخالفت با مظاهر تمدنی غربی بسیار بیش از علم بود، اما چون ترس آن بود که به اسم علم و مدرسه فرنگی‌مآبی رواج یابد، در منابر و نوشته‌ها مخالفت‌هایی بود. گاهی هم شبهات شرعی بود. نمونه‌اش را درباره تحصیل دختران گفتیم که تا اواخر پیش از انقلاب هم خاندان‌های متدین دراین‌باره احتیاط می‌کردند. از نمونه شبهات شرعی یکی هم این بود که مثلا مسلمانی که عمری در خزینه غسل می‌کرد، حالا برود زیر دوش که امر جدیدی است، غسل کند. دوش این نگرانی را ایجاد می‌کرد که شاید شرایط واقعی غسل به عمل نیاید! ما باید ابعاد این ماجرا را روشن کنیم...
ما در دو دهه اول انقلاب گرفتار مشکل بودیم. سپس سراغ تأسیس دانشگاه‌ها رفتیم. هاشمی‌رفسنجانی از تفکر دانشگاهی حمایت کرد و با تأسیس دانشگاه آزاد کوشید علم جدید را تقویت کند، بگذریم از اینکه فعالیت‌ها کمّی بود نه کیفی. اما راه‌های دیگری هم رفتیم که راه‌های میانه بود: تأسیس دانشگاه امام صادق (ع)، مدرسه مطهری و دانشگاه مفید، و پیش از اینها، دفتر همکاری حوزه و دانشگاه. همه این موارد نگرش‌های تازه‌ای داشتند که می‌توان آنها را ترکیبی خواند. البته بیشتر پای علوم انسانی در میان بود، ولی به هر حال، مفهوم علم و دانایی به‌خصوص علوم تجربی را تحت تأثیر قرار می‌داد و تمایل به دینی‌کردن آنها را هم تحریک می‌کرد. بنا بود و هست که مدیریت اسلامی شود، سیاست نیز. حتی دانش سیاست روز. اقتصاد هم که جای خود دارد. و مثلا موضوعاتی از قبیل اینکه روابط خارجی در اسلام چیست و جست‌وجو از یافتن نصوص و علمی‌کردن آنها؟ یا بسیاری از مسائل دیگر. بعد از هاشمی و خاتمی وارد دوره تازه‌ای شدیم. دولت بعدی با آن رئیس ساده‌لوحش می‌خواست رنگ سنت‌گرایی داشته باشد. همان‌وقت‌ها که دانشگاه‌ها در ایران به شدت توسعه می‌یافت، بحث مبارزه با سلطه فرهنگی غرب هم بود که باز در تماس با مباحث تمدنی، فرهنگی و علوم تجربی بود. تفکیک اینها کار دشواری بود، مخصوصا اینکه شعار می‌دادیم باید همه چیز بومی شود. تکلیف علوم تجربی چه بود؟ چرا ما امروز در علوم پایه به اندازه کافی طالب نداریم؟ ما متأسفانه نظریه‌پردازهای نیرومندی نداشتیم تا اینها را روشن کنند... به هرحال، در دولت بعد از خاتمی، این سنت‌گرایی با نوعی اعتمادبه‌نفس کاذب پیش رفت. تعویذات و طلسمات و هاله نور هم بر آن افزوده شد. متوجه نبودیم که چطور مفهوم علم تجربی با شعارهای بومی‌گرایی و سنت‌گرایی همان نیمه‌جانش را هم از دست می‌دهد. این دوره به دلیل مشکلات سیاسی هم که تا حدودی به دلیل جناح‌بندی‌های مذهبی-سیاسی دوره خاتمی بود به تقویت نهادهایی انجامید که مدعی اداره همه امور عالم از دید مذهب و دین بودند.
